.claude ディレクトリの中身

Claude Code は、設定・指示・拡張の多くを、プロジェクトの .claude/ とホームディレクトリの ~/.claude/ から読みます。このページでは、置き場所（プロジェクト・ユーザー・そのほか）ごとに、ファイルとディレクトリの役割、読み込まれるタイミング、Git に入れるかを一覧にします。あわせて、~/.claude に Claude Code が書き込むデータの保持期間と消し方も扱います。

• 多くの人が編集するのは CLAUDE.md と settings.json だけ。残りは必要になったときに足す
• リポジトリにほかのコーディングエージェント向けの AGENTS.md があれば、Claude Code は単独か CLAUDE.md と一緒に読める（CLAUDE.md とメモリ）
• プロジェクトのファイルは、.claude/ の下（CLAUDE.md・.mcp.json・.worktreeinclude はプロジェクトのルート）に置く。ユーザーのファイルは ~/.claude/ に置き、全プロジェクトに効く
• 組織が配る管理設定は、ほぼすべてのものより優先される
• ~/.claude の記録は暗号化されない平文。保持期間は cleanupPeriodDays で決まる

どのファイルを編集するか#

カスタマイズの種類ごとに、置き場所が違います。

プロジェクトの範囲#

プロジェクトの範囲のファイルは、リポジトリの .claude/ の下にあります（CLAUDE.md・.mcp.json・.worktreeinclude はルート）。Git を使うなら、ほとんどをコミットしてチームで共有します。settings.local.json のように、Claude Code が設定を保存するときに gitignore されるものもあります。

ルートに置くもの#

• CLAUDE.md は 200 行未満を目安にする。長くても全体を読み込むが、守られにくくなる。特定の作業にしか関係ないものは、スキルかパスを絞ったルールへ移す。セッションで /memory を実行すると、CLAUDE.md を開いて編集できる
• .mcp.json は、秘密の値には ${NOTION_TOKEN} のように環境変数を参照する。自分だけが要るサーバーは claude mcp add --scope user で、.mcp.json ではなく ~/.claude.json に書く。置き場所はプロジェクトのルートで、.claude/ の中ではない
• .worktreeinclude は .gitignore の書き方で書く。worktree は新しいチェックアウトなので、.env のような追跡されないファイルは既定でない。パターンに一致し、かつ gitignore されているファイルだけがコピーされるので、追跡されているファイルが複製されることはない。git 専用で、別のバージョン管理向けに WorktreeCreate フックを設定していると読まれない（フックのスクリプトの中でコピーする）。デスクトップアプリの並列セッションにも適用される。worktree で並行作業を参照

.claude/ の中#

• settings.json：Bash の権限パターンはワイルドカードに対応し、Bash(npm test *) は npm test で始まるどのコマンドにも一致する。permissions.allow のような配列の設定はすべての範囲をまたいで結合され、model のような単一の値は、最も具体的な値が使われる
• settings.local.json：Claude Code がこのファイルに設定を保存するとき、まだ無視していないリポジトリでは、グローバルの git の除外ファイルに **/.claude/settings.local.json を足す。その除外ファイルは、グローバルの git 設定の core.excludesFile が絶対パスか ~ で始まるパスのときはそれ、そうでなければ $XDG_CONFIG_HOME/git/ignore、または ~/.config/git/ignore。無視のルールをチームと共有するには、プロジェクトの .gitignore にも足す。配列は範囲をまたいで結合され、model のような単一の値はローカルの値が使われる
• rules/：paths: のないルールはセッションの始めに、paths: のあるルールは、一致するファイルを Claude が読む・書く・編集したときに読み込まれる。ルールは Claude が読む案内で、Claude Code が強制する設定ではない。確実にするにはフックか権限を使う。.claude/rules/frontend/react.md のようなサブディレクトリも自動で見つかる。CLAUDE.md が 200 行に近づいたら、ルールへの分割を始める
• skills/：各スキルは SKILL.md と必要な補助ファイルを持つフォルダで、/skill-name で呼ぶか、Claude がタスクに合うと判断したときに呼ばれる。既定では自分も Claude も呼べる。disable-model-invocation: true で自分だけの作業（/deploy など）にでき、user-invocable: false で / のメニューから隠しつつ Claude には呼ばせられる
• commands/：commands/deploy.md は、skills/deploy/SKILL.md のスキルと同じように /deploy を作り、どちらも Claude が自動で呼べる。スキルはディレクトリと SKILL.md を使うので、参考資料・テンプレート・スクリプトを一緒に束ねられる。スキルとコマンドが同じ名前なら、スキルが優先される。新しいものはたいていスキルにし、コマンドは引き続き使える
• output-styles/：出力スタイルは個人のものが多いので、たいていは ~/.claude/output-styles/ にある。チームで共有するスタイル（全員が使うレビューモードなど）だけここに置く
• agents/：各 Markdown ファイルが、自分のシステムプロンプト・ツールへのアクセス・場合によっては自分のモデルを持つサブエージェントを定義する。新しいコンテキストウィンドウで動くので、メイン会話をきれいに保てる。tools: で、エージェントごとにツールを制限する。@ を打ってオートコンプリートからエージェントを選ぶと、直接委任できる
• workflows/：各 .js ファイルは、サブエージェントを生成・調整するためにランタイムが実行するスクリプトのワークフロー。ゼロから書くのではなく、Claude が書き、/workflows から保存する。起動時に読み込まれ、各ファイルが /<name> のコマンドになる。/workflows で実行を s で保存すると作れる。同じ名前なら、プロジェクトのワークフローが ~/.claude/workflows/ の個人のものより優先される
• agent-memory/：frontmatter に memory: project を持つサブエージェントには、ここに専用のメモリのディレクトリができる。メイン会話の自動メモリ（~/.claude/projects/）とは別で、各サブエージェントが自分の MEMORY.md を読み書きする。memory: フィールドを設定したサブエージェントのときだけ作られる。バージョン管理から外すなら memory: local（.claude/agent-memory-local/ に書く）、プロジェクトをまたぐなら memory: user（~/.claude/agent-memory/ に書く）。サブエージェントの起動時に、その MEMORY.md の先頭 200 行（25KB まで）がシステムプロンプトに読み込まれる

構成の例です。

• rules/testing.md：paths: に .test.ts や .test.tsx に一致するグロブを書くと、テストファイルを扱うときだけ読み込まれ、それ以外のファイルでは読み込まれない
• rules/api-design.md：paths: が src/api/ の下に一致するグロブなら、API のルートを編集するときだけ読み込まれる
• skills/<name>/SKILL.md：スキルのエントリポイント。disable-model-invocation: true なら自分だけが起動できる。! の後ろにバッククォートで囲んだコマンドを書くと、シェルコマンドを実行し、出力をプロンプトに差し込む。$ARGUMENTS は、スキル名の後ろに打った内容に置き換わる。Claude にはスキルのディレクトリのパスが見えるので、checklist.md のような束ねたファイルに触れれば、Claude がそれを読める。bash 注入のコマンドの中のスクリプトには ${CLAUDE_SKILL_DIR} のプレースホルダーを使う
• skills/<name>/checklist.md：スキルに束ねる補助のファイル（参考資料・テンプレート・スクリプト）。スキルの実行中に、必要になったとき Claude が読む
• commands/fix-issue.md：/fix-issue 123 と打つと、! の行が gh issue view 123 をシェルで実行し、出力が、Claude が見る前にプロンプトへ差し込まれる。位置引数には $0・$1 などを使える
• agents/code-reviewer.md：読み取り専用のツール（Read・Grep・Glob）に制限したサブエージェントの例。frontmatter の description が、Claude がいつ自動で委任するかを決める。本文がサブエージェントのシステムプロンプトになる
• agent-memory/<agent-name>/MEMORY.md：サブエージェント自身が作って更新するので、自分で書かない。各タスクの始めに読み、学んだことを書き戻す

ユーザーの範囲#

ホームディレクトリのファイルは、すべてのプロジェクトに効き、どのリポジトリにもコミットされません。

• ~/.claude.json：IDE のトグル（autoConnectIde・externalEditorContext）は settings.json ではなくここにある。projects キーは、信頼ダイアログの承認や直近のセッションの指標のようなプロジェクトごとの状態を追う。セッション中に承認した権限ルールは、.claude/settings.local.json に書かれる。ここの MCP サーバーは自分だけのもので、ユーザー範囲は全プロジェクト、ローカル範囲はプロジェクトごと（コミットされない）。チームで共有するサーバーは、プロジェクトのルートの .mcp.json に置く
• ~/.claude/CLAUDE.md：全プロジェクトで、そのプロジェクトの CLAUDE.md と一緒にコンテキストへ入るので、短く保つ。応答のスタイル・コミットの形式・個人の慣習など、どこでも当てはまる好みに向く
• ~/.claude/settings.json：プロジェクトの settings.json と同じキー（権限・フック・モデル・環境変数ほか）。毎回許可する権限・好みのモデル・どのプロジェクトでも動く通知フックなど、どこでも欲しい設定を置く。設定には優先順位があり、プロジェクトの settings.json が、ここで設定した同じキーを上書きする。グローバルとプロジェクトのファイルの両方がコンテキストに読み込まれる CLAUDE.md と違い、キーごとにマージされる
• ~/.claude/keybindings.json：対話の CLI のキーボードショートカットを割り当て直す。/keybindings で、スキーマの参照つきでファイルを作るか開く。Ctrl+C・Ctrl+D・Ctrl+M・Caps Lock は予約されていて割り当て直せない。詳しくはキーボードショートカット
• ~/.claude/themes/*.json：各 .json が、組み込みの base のプリセットと、色のトークンを上書きする overrides のマップからなるカスタムテーマを定義する。/theme で対話的に作るか、JSON を手で書く。カスタムテーマを選ぶと、テーマの設定として custom:<slug> が保存される。詳しくはターミナル・表示・音声入力
• ~/.claude/projects/：自動メモリで、プロジェクトごとにリポジトリのパスをキーにしたメモリのディレクトリがある。<project>/memory/ の MEMORY.md がセッションの始めに読み込まれる（先頭 200 行か 25KB の先に来るほう）。debugging.md・architecture.md・build-commands.md のようなトピックファイルは、MEMORY.md が長くなったとき Claude が作り、関係する作業が出たときだけ読み返す。ふつうの Markdown で、いつでも編集・削除できる。既定でオン。/memory か設定の autoMemoryEnabled で切り替える
• ~/.claude/rules/：プロジェクトの .claude/rules/ と同じだが、どこでも適用される。個人のコードスタイルやコミットメッセージの形式のような、すべての作業にわたって欲しい慣習に使う
• ~/.claude/skills/：自分用に作って、どこでも動くスキル。プロジェクトのスキルと同じ構造（SKILL.md のあるフォルダ）で、単一のプロジェクトではなくユーザーアカウントに紐づく
• ~/.claude/commands/：プロジェクトの commands/ と同じだが、ユーザーアカウントに紐づく。各 Markdown ファイルが、どこでも使えるコマンドになる
• ~/.claude/output-styles/：各 Markdown ファイルが出力スタイルを定義する。既定では組み込みのソフトウェアエンジニアリングのタスクの指示も置き換える指示の集まりで、コーディング以外の用途へ Claude Code を合わせたり、教える・レビューするモードを足したりするのに使う。/output-style・/config・設定の outputStyle キーで選ぶ。ここのスタイルはすべてのプロジェクトで使え、同じ名前のプロジェクトのスタイルが優先される。組み込みのスタイルは Default・Proactive・Concise・Explanatory・Learning で、独自のものはここに置く。frontmatter の keep-coding-instructions: true で、既定のタスクの指示を残したまま足せる。セッション中にスタイルを切り替えると次のメッセージから適用される。端末では、セッション中に作った・編集したスタイルのファイルは再起動の後に拾われる。詳しくは出力スタイル
• ~/.claude/output-styles/teaching.md：各タスクの後に「Why this approach」のメモを足し、10 行未満の変更は自分で書かずに TODO(human) のマーカーを残すスタイルの例。設定の outputStyle を、.md を除いたファイル名（frontmatter に name があればそれ）にして選ぶ
• ~/.claude/agents/：ここで定義したサブエージェントは、すべてのプロジェクトで使える。形式はプロジェクトのエージェントと同じ
• ~/.claude/workflows/：ここに保存したワークフローのスクリプトは、すべてのプロジェクトで使える。同じ名前のプロジェクトのワークフロー（.claude/workflows/）が優先される
• ~/.claude/agent-memory/：frontmatter に memory: user を持つサブエージェントが、プロジェクトをまたいで残る知識を保存する。プロジェクト範囲のサブエージェントのメモリは、.claude/agent-memory/ を使う

そのほかの場所にあるもの#

• claude.ai のアカウントから同期されたプラグインは、~/.claude/plugins/synced/ にダウンロードされる
• マーケットプレイスの command ソースからリンクモードでインストールしたプラグインは、コピーではなくリンクをここに保存し、プラグインのファイルは、コマンドが出力するディレクトリに残る。command ソースは v2.1.229 以降が必要
• ローカルのパスから追加したマーケットプレイスで、相対パスで挙げたプラグインは、キャッシュのコピーではなく、ソースのディレクトリからその場で読み込まれる
• 孤立したバージョンの掃除は、プラグインのキャッシュの説明にある。詳しくはプラグインを使うとプラグインのリファレンス

ファイルの一覧（範囲・コミット・役割）#

ファイルごとの frontmatter フィールド#

スキル・コマンドのファイル・サブエージェント・出力スタイル・ルールは、ファイルの先頭の YAML frontmatter から設定を読み、それぞれが自分のフィールドの組を受け付けます。

• 各フィールドの意味は、スキルはスキル、サブエージェントはサブエージェント、出力スタイルは出力スタイル、ルールはCLAUDE.md とメモリにある
• プラグインに同梱したエージェントは、サブエージェントのフィールドの一部だけを尊重する
• 設定・フック・ファイルが効かないときの、調べるコマンドと症状から引く表は設定のデバッグにある

アプリケーションデータ#

自分で書く設定のほかに、~/.claude には、セッション中に Claude Code が書くデータがあります。これらのファイルは平文です。ツールを通ったものはすべて、ディスク上の記録（transcript）に書かれます（ファイルの内容・コマンドの出力・貼り付けたテキスト）。

自動で削除されるもの#

次のパスのファイルは、保持期間を安全に決められる限り、cleanupPeriodDays より古くなると Claude Code が削除します。既定は 30 日で最小は 1 です。0 を設定すると検証エラーになります。同じ期間の区切りが、孤立した worktree の自動削除にも適用されます（worktree で並行作業）。

sessions/・自動メモリ・Claude Desktop と Cowork の記録は、それぞれ別の保持規則に従います。

• sessions/：実行中のセッションごとに小さなファイルを 1 つ持ち、同時のセッションとクラッシュの検出に使う。期間による掃除の対象ではなく、セッションが終わると Claude Code が各ファイルを消し、クラッシュの残りは次の起動で消す
• 自動メモリ：掃除は、プロジェクトの自動メモリのディレクトリ projects/<project>/memory/ のメモリファイルを消さない。Claude Code がそのディレクトリを消すのは、保持期間のあいだずっと空だったときだけ。v2.1.228 より前は、掃除がメモリのディレクトリの中のフォルダをセッションのデータとして扱い、その下の古いファイルを消すことがあった
• Claude Desktop と Cowork の記録：Claude Desktop か Cowork で始めた、または最後に続けたセッションの記録は、どれだけ古くても Claude Code が残す。この記録に期間の上限を付けるには desktopSessionCleanupPeriodDays を設定する。管理設定が cleanupPeriodDays を設定しているときは、Claude Code はその期間の後にこれらの記録を消す。v2.1.248 以降が必要で、それ以前のバージョンは cleanupPeriodDays の後に消す

期間による掃除を Claude Code が飛ばす場合は次のとおりです。

• ベアモード：claude -p を --bare で動かすと、そのセッションでは掃除をしない
• 掃除の一時停止：保持期間を安全に決められないとき、保持の掃除を止める。retention_sweep イベントが、止める構成を 1 つずつ挙げる（利用状況の計測）。原因が、読めない・解析できない設定ファイル、または cleanupPeriodDays か desktopSessionCleanupPeriodDays を明示して設定している設定のエラーのときは、設定のエラーを直すまで /status に警告も出る。管理設定が cleanupPeriodDays を与えるときは、どちらの場合も、Claude Code は管理された値で掃除を動かす

セッションのスクラッチパッドのディレクトリ#

スクラッチパッドは、Claude Code が一時的なファイル（途中の結果・補助スクリプト・プロジェクトに属さない下書き）のために Claude に与える、セッションごとのディレクトリです。Claude が「スクラッチパッドに保存した」と言うとき、ファイルはここにあります。Claude は /tmp の代わりにこれを使い、権限の確認なしに、ここでファイルを作り・編集し・読めます。

スクラッチパッドは ~/.claude ではなく、Claude Code の一時ディレクトリの下にあります。現在のセッションのパスは、プラットフォームごとに次のとおりです。

• <project> は、作業ディレクトリのパスの、英数字以外の文字をすべて - に置き換えたもの（-Users-you-my-project など）。CLAUDE_CODE_TMPDIR を設定すると、木はそのディレクトリの下に移る。フックは現在のセッションのパスを scratchpad_dir として受け取る
• スクラッチパッドのファイルは、セッションの記録と同じだけ残る。保持の掃除が記録を消すときにディレクトリも消し、claude purge は一時ディレクトリに触れない。ディレクトリはシステムの一時領域の下にあるので、再起動のときなど、オペレーティングシステムが消すこともある。Claude がそこに書いたものを残したいなら、プロジェクトに移すよう Claude に頼む
• スクラッチパッドがあるセッションは、次のすべてが当てはまるときだけ：API キーではなく claude.ai アカウントでサインインしている、セッションが Anthropic API を使っている（Amazon Bedrock・Google Cloud の Agent Platform・Microsoft Foundry ではない）、enableArtifact が false に設定されていない

自分で削除するまで残るもの#

保持の掃除は、次のパスを消しません。ログアウトしたときに消す 2 つのキャッシュを除き、自分で削除するまで Claude Code は残します。

使う機能によって、~/.claude/ には、「アプリケーションデータ」の表に載っていないファイルも現れます。そのうち、キャッシュとロックファイルは消しても安全です。次の状態ファイルは残します。

• .credentials.json：ログインの認証情報
• agent-memory/：サブエージェントのメモリ
• jobs/ と daemon/：バックグラウンドセッションの状態

平文での保存#

記録と履歴は、保存時に暗号化されません。守るのは OS のファイルの権限だけです。ツールが .env ファイルを読んだり、コマンドが認証情報を出力したりすると、その値が projects/<project>/<session>.jsonl に書かれます。露出を減らす方法は次のとおりです。

• cleanupPeriodDays を下げて、記録を保つ期間を短くする
• desktopSessionCleanupPeriodDays を設定して、Claude Desktop と Cowork の記録にも期間の上限を付ける
• 環境変数 CLAUDE_CODE_SKIP_PROMPT_HISTORY を設定すると、どのモードでも記録とプロンプト履歴を書かない。非対話モードでは代わりに、-p と一緒に --no-session-persistence を渡すか、TypeScript の Agent SDK で persistSession: false を設定できる（Python SDK に同等の選択肢はない）
• 権限ルールで、認証情報のファイルの読み取りを拒否する

ローカルデータを消す#

claude purge を実行すると、1 つのプロジェクトについて Claude Code が持つ状態を削除できます（v2.1.288 より前は claude project purge でした）。消すのは次のものです。

• projects/ の下の記録と自動メモリ
• セッションごとの tasks/・debug/・file-history/ の項目
• history.jsonl の中の、そのプロジェクトのプロンプトの行
• ~/.claude.json の、そのプロジェクトの項目

そのプロジェクトのセッションで貼り付けた・添付した画像と、各セッションのスクラッチパッドは、~/.claude ではなく Claude Code の一時ディレクトリの下にあるので、purge は消しません。保持の掃除は、画像が cleanupPeriodDays より古くなれば消します。purge したセッションのスクラッチパッドは、自分で消すか、OS が一時ディレクトリを消すまで残ります。

• コマンドは、削除の計画をすべて出し、何かを消す前に確認する
• 次の例は、~/work/my-repo をプレースホルダーとして使う。自分のプロジェクトのパスに置き換える。パスに一致する状態がなければ、エラーを出して終了ステータス 1 で終わる

何も消さずに計画を見ます。

claude purge ~/work/my-repo --dry-run

計画は、一致する項目と、含める理由を並べます。

Purge plan for /home/user/work/my-repo:

  dir:    /home/user/.claude/projects/-home-user-work-my-repo
           project transcripts (.jsonl) and memory/
  config: projects["/home/user/work/my-repo"]
           project entry in ~/.claude.json (trust, history, MCP servers)
  filter: /home/user/.claude/history.jsonl
           12 prompt(s) typed in this project

shell-snapshots/ are not project-scoped and will not be touched
backups/ may still contain this project entry in old .claude.json snapshots (/home/user/.claude/backups); at most 5 are kept and they rotate out automatically
Dry run: 3 item(s) would be deleted.

1 回の確認つきで削除します。

claude purge ~/work/my-repo

• 同じ計画を出した後、Delete 3 item(s) for /home/user/work/my-repo? This cannot be undone. [y/N] と聞き、y と答えたときだけ削除する。パスを省くと、対話の一覧からプロジェクトを選べる
• スクリプト向けに確認を飛ばすには --yes
• パスの代わりに --all を渡すと、すべてのプロジェクトの状態を一度に purge し、history.jsonl を絞り込まずにそのまま消す。-i を渡すと、削除の計画を 1 項目ずつ進める
• shell-snapshots/ と backups/ は、プロジェクトに紐づかないので、コマンドは触らず、計画の出力で警告する

上のアプリケーションデータのパスは、残すべき状態ファイルを除き、手で削除することもできます。新しいセッションには影響しません。過去のセッションで失うものは次のとおりです。